Bioengineering - EWI wint €7500 voor drie interdisciplinaire masterprojecten

Nieuws - 26 september 2018 - Communication

3 september 2018 door Webredactie

Het Delft Bioengineering Institute (BEI) heeft Joana Gonçalves en Thomas Abeel (2x) een bedrag van €7500 toegekend voor de uitvoering van drie interdisciplinaire masterprojecten. Samen met Martin Pabst (TNW-Biotechnology) ontwierp Joana een project om de eiwitsynthese in gist beter te begrijpen. Thomas werkt samen met Greg Bokinsky (TNW-Bionanoscience) om bio-informatica te gebruiken voor een betere productie van biobrandstoffen, en met Stan Brouns (TNW-Bionanoscience) om nieuwe bacteriofagen te ontdekken. In totaal heeft BEI 15 masterprojecten toegekend die het resultaat waren van het netwerkevenement BioDate 2018 in maart. Meer informatie over de EWI projecten:

Inzicht in eiwitsynthese van gist
Het aanmaken van eiwitten in een cel gebeurt in verschillende stappen. Eerst wordt in de celkern het DNA gekopieerd naar mRNA (transcriptie), daarna vertalen ribosomen het mRNA in aminozuurvolgorden (translatie). Na de translatiefase vinden er nog veranderingen plaats aan de eiwitten, de zogeheten post-translational modifications. Het doel van dit afstudeerproject is om meer inzicht te krijgen in deze aanpassingen, en daarmee in de eiwittendynamiek van gistcellen. Een student biotechnologie gaat gistgroeiexperimenten uitvoeren met behulp van massaspectrometrie, een informaticastudent voert computeranalyses uit met behulp van geavanceerde algoritmes.

Unravelling proteome-wide post-translational modification networks in yeast by advanced proteomics and temporal multi-way clustering
Joana Gonçalves (EWI) en Martin Pabst (TNW-BT)

Bioinformatica voor betere biobrandstofproductie
Wetenschappers die een micro-organisme als fabriekje gebruiken om chemicaliën te produceren, lopen vaak tegen het probleem aan dat dat organisme niet precies die eiwitten maakt die enzymen nodig hebben om goed te kunnen werken. Bovendien is het lastig om te bepalen welke eiwitten dat precies zijn. In dit afstudeerproject gaat een student homology searches inzetten om dit fundamentele probleem in de synthetische biologie verder te onderzoeken. Het doel ervan is het identificeren van de elektron-dragende eiwitten die het enzym IspG in de E.coli-bacterie kunnen activeren, wat nodig is voor de productie van de biobrandstof-voorloper bisabolene.

Finding needles in genomic haystacks: identification of electron carrier proteins for use in redox-dependent biofuel synthesis pathways
Greg Bokinsky (TNW-BN) en Thomas Abeel (EWI)

Nieuwe bacteriofagen ontdekken
Bacteriofagen zijn de natuurlijke vijanden van bacteriën, en daarmee mogelijk een antwoord op de toenemende antibioticaresistentie van kwaadaardige bacteriën. Een van de grote uitdagingen in het fagenonderzoek is het identificeren van nieuwe fagen in milieumonsters en het bepalen hoe geschikt ze zijn voor therapeutische toepassing tegen een bepaalde bacterie. In dit afstudeerproject worden nanopore-gebaseerde DNA-sequencingtechnologie en bioinformatica gebruikt om de individuele faaggenomen uit biologische samples te reconstrueren, samen met de genomen van de bacteriën waarmee ze voorkomen. 

Phage DNA sequencing and genome assembly
Thomas Abeel (EWI) en Stan Brouns (TNW-BN)

Vijftien projecten
In totaal heeft het Delft Bioengineering Institute  vijftien biotechniekprojecten uit BioDate 2018 bekroond. Bekijk alle BioDate projecten.